معاونت برنامه ریزی و سیستم که یکی از مهمترین معاونت های شرکت موننکو ایران می باشد متشکل از 6 گروه به شرح زیر می باشد:
- گروه توسعه کسب و کار خارجی: در این گروه کلیه فعالیت‌های مربوط به ایجاد همکاری و شراکت با شرکت‌های خارجی، بازاریابی، تهیه پیشنهادات و حضور در مناقصات، تهیه طرح‌های تجاری و تاسیس یا خرید شرکت‌های زیر مجموعه در خارج از کشور انجام می‌شود.
- گروه فناوری اطلاعات: در این گروه کلیه امور مربوط به پشتیبانی کاربران، شبکه و زیر ساخت، توسعه و راهبری سیستم‌‌های نرم افزاری، و مدیریت و نظارت بر طراحی‌های سه بعدی انجام می‌شود.
- گروه کنترل و پایش: در این گروه کلیه امور موبوط به برنامه‌ریزی و کنترل پروژه‌های شرکت در کلیه معاونت‌های پروژه محور شرکت با محوریت حوزه‌های زمان و هزینه و همچنین برنامه‌ریزی و پایش فعالیت‌های معاونت مهندسی انجام می‌شود.
- گروه طرح و برنامه: در این گروه کلیه فعالیت‌های مربوط به کنترل مدارک، کتابخانه و مرکز اسناد، بودجه‌ریزی سالیانه و پایش آن، برنامه‌ریزی استراتژیک، برنامه توسعه سالیانه شرکت، مدیریت دانش و تحلیل سیستم‌ها و فرآیندها انجام می‌شود.
- گروه توسعه کسب و کار داخلی: در این گروه کلیه فعالیت‌های مربوط به ایجاد همکاری و شراکت با همکاران داخلی، بازاریابی، تهیه پیشنهادات و مناقصات، اخذ و به روزرسانی رتبه‌بندی و گواهینامه‌های مرتبط با صلاحیت خدمات مشاوره از مراجع ذیربط صورت می‌پذیرد.
- دفتر کیفیت، HSE و بهره وری: در این دفتر کلیه فعالیت های مربوط به سیستم مدیریت کیفیت با هدف رضایت کارفرمایان و بهبود مداوم عملکرد و همچنین الزامات ایمنی، بهداشت حرفه ای و زیست محیطی با هدف كنترل مخاطرات ایمنی و بهداشتی و جنبه‌های زیست محیطی فعالیت‌های شركت در قالب سیستم مدیریت یكپارچه و امور مربوط به بهره وری و تعالی سازمانی انجام می‌گیرد.
